Ústav světových dějin spolupracuje s řadou domácích a zahraničních institucí. Jedná se zejména o Historický ústav Akademie věd ČR (HiÚ), Masarykův ústav a Archiv Akademie věd ČR (MÚ) a Ústav pro studium totalitních režimů (ÚSTR). Spolupráce probíhá formou přípravy společných konferencí, výstav a workshopů. Odborníci z HiÚ, MÚ a ÚSTR se podílejí na přednáškové činnosti Ústavu světových dějin.

Dále Ústav světových dějin spolupracuje s mnoha zahraničními akademickými institucemi. Jde o pracoviště v USA (např. Boston University, Brown University), Kanadě (Université Laval), Německu (Universität Heidelberg, Freie Universität Berlin a řadu dalších), Francii (École des Hautes Etudes en Sciences Sociales aj.), Itálii (např. Universita degli studi di Catania), Rakousku (např. Universität Wien, Universität Innsbruck), Polsku (Uniwersytet Warszawski), Maďarsku (Eötvös Loránd University Budapest), Chorvatsku (Sveučilište u Zagrebu, Sveučilište Juraja Dobrile u Puli), Srbsku (Univerzitet u Beogradu) či ve Slovinsku (Znanstveno-raziskovalno središče Koper), Nizozemí (Utrecht University, Amsterdam University, Leiden University) či Velké Británie (University of St Andrews, University of Oxford, University of Strathclyde, Brunel University London).